Elle peut en traiter jusqu’à 2 000 par jour.
Faut-il s’attendre à une deuxième vague de l’épidémie de Covid-19 ? Les scientifiques ont un avis partagé sur la question. Même si les hôpitaux sont moins encombrés depuis quelques semaines, les autorités veulent se préparer en cas de nouvelle attaque massive du virus. Pour ça, le CHU de Tours multiplie par 6 sa capacité quotidienne d’analyse de tests pratiqués en insérant un écouvillon dans le nez. Jusqu’ici il pouvait en traiter 400 par jour dans son laboratoire de virologie. Désormais, il a les moyens d’en étudier 2 000 de plus grâce à une machine chinoise utilisée dès le début de la crise à Wuhan, berceau du SARS-Cov2. La France en possède 21 exemplaires, la Belgique et la Suède en sont également dotées.
Livré fin avril, testé depuis plusieurs jours pour former le personnel, l’équipement est installé dans une salle au 1er étage de l’hôpital Bretonneau spécialement réaménagée pour l’occasion. Budget : 300 000€ (pour le matériel, les logiciels, des travaux dans les locaux).« Cette plateforme met en œuvre une technique de biologie moléculaire haut débit » explique le Professeur Catherine Gaudy-Graffin, responsable de l’unité de virologie. Sachant que la fameuse machine n’est qu’un maillon de toute une chaîne qui ressemble à ça :
- Une personne se fait tester au CHU de Tours, par une équipe mobile de l’hôpital (en Ehpad, en cité universitaire…), dans les hôpitaux d’Amboise, Loches et Chinon mais aussi dans le Loir-et-Cher ou dans l’Indre
- Des coursiers amènent les prélèvements à Bretonneau via des navettes qui peuvent circuler 2 à 3 fois par jour en cas de besoin. Ces livraisons se font dans un triple emballage sécurisé (sachet renforcé, sachet absorbant). A leur arrivée ils sont étiquetés avec un numéro unique par une équipe afin d’assurer le suivi des malades
- Les prélèvements sont placés dans une étuve à 56° pour neutraliser le virus et le rendre non contaminant
- Les tests sont analysés par la machine chinoise puis par une seconde machine (un amplificateur), acquise en 3 exemplaires par le CHU et située dans une salle voisine
- Le processus complet dure 4 à 5h, avec l’ambition finale de donner le résultat aux patients moins de 24h après leur rendez-vous initial. Ils reçoivent alors un SMS ou un mail avec un lien Internet. Leur médecin traitant est également informé
On parle bien là de tests PCR pour détecter une infection au nouveau coronavirus à un instant T. Il ne s’agit pas de tests sérologiques par prélèvement sanguin pour déterminer si une personne a développé des anticorps. L’objectif est de traiter un maximum de cas suspects en un minimum de temps, en particulier les personnes en lien rapproché avec des malades confirmés (les fameux cas contact). La machine automate (sous le nom de code MGISP960) peut examiner 192 échantillons en simultané, et elle met 1h30 pour faire le travail (deux fois moins longtemps si elle n’a qu’une seule plaque de 96 tests à évaluer). 3 personnes sont nécessaires pour assurer la manipulation. Elle va rester active à Tours jusqu’à fin juin, et peut-être pendant 2 ans si l’Etat le juge nécessaire.
Techniquement, cet outil peut tourner 24h/24 si les clusters se multiplient (un EHPAD par-ci, une école par-là…), d’où les 2 000 tests quotidiens. Cela dit elle ne va pas fonctionner à plein régime… En tout cas pas tout de suite, à cause du ralentissement de l’épidémie. Au plus fort de la crise, le CHU de Tours a étudié un maximum de 369 tests en une journée. Depuis le 20 janvier, 9 208 analyses ont été traitées par son personnel, pour 1 085 infections confirmées. Ces derniers jours, le taux de tests positifs est plutôt proche des 2%.
Tout cela se fait avec des équipes protégées au maximum pour éviter tout risque de contamination (masques, surblouses, charlottes). Le CHU a dû spécialement recruter pour gérer cette nouvelle plateforme, en faisant notamment appel à des étudiants en fin de formation. Des gardes de nuit assurées par des étudiants internes en biologie médicale sont prévues au cas où. Pour gagner du temps, l’hôpital s’équipe également d’un logiciel d’intelligence artificielle capable d’interpréter les résultats.
A noter que l’ensemble de ce processus n’enlève pas la possibilité de « faux négatifs », c’est-à-dire un test négatif alors que la personne est bien infectée par le Covid-19. Selon le Professeur Gaudy-Graffin, le taux est d’environ 30%. Il s’explique parfois par un prélèvement réalisé à un stade trop avancé de la maladie, quand le virus est descendu du nez vers l’intérieur du corps. Mais aussi par l’absence de cellules si le protocole n’a pas été correctement respecté. En revanche, les « faux positifs » seraient beaucoup plus rares.
